（1）定义：指受体分子保持刚性不变，配体分子构象在一定范围内变化。能够在考虑柔性影响的同时，保持较高的计算效率。一般用于大分子和小分子之间的对接，找到底物分子和受体分子最佳结合位置及其结合强度。
（2）作用：研究受体生物大分子和配体小分子的相互作用，预测亲和力，多用于药物设计和虚拟筛选。
Figure 1. In silico design of Aurora and PLK dual inhibitor. Binding mode of 6-amino-2-naphthoic acid structure was shown with Aurora A (A.PDB code: 2DWB), Aurora B (B. PDB code: 5K3Y), PLK-1 (C. PDB code: 2RKU), and PLK-2 (D. PDB code: 4I5M).
（3）说明：In addition, the oxazole ring formed a pi-cation interaction with the Lys143 amino acid residue (Figure 1A). It was also discovered that the terminal benzene ring could interact with the Phe172 amino acid residue in Aurora B to form a π-π bond (Figure 1B). Similarly, thte thiazole ring of AAPK-25 also has an aromatic H-bond interaction with the Glu140 amino acid residue in PLK-1 (Figure 1C). For PLK-2, the carbonyl group adjacent to the naphthalene rings formed a hydrogen bond with the Cys133 amino acid residue, in contrast to the carbonyl group adjacent to the oxazole ring demonstrating a hydrogen bond interaction with the Lys57 amino acid residue. In addition, the 3,4-dichlorobenzene group had π-π interactions with Phe183 amino acid residue, accompanied by the halogen bond formation between 4-chlorine and the Asp194 amino acid residue (Figure 1D).
文章来源：DOI：10.1021/acs.jmedchem.9b00353
分子动力学（Molecular Dynamics，MD）模拟是一套分子模拟方法，是研究凝聚态系统的有力工具。通过分子动力学模拟，研究者得到体系原子的运动轨迹，可观察到原子运动过程的各种微观细节。通过对研究体系的动态模拟，我们能够在分子水平上理解生物大分子的运动与生物功能、蛋白-小分子之间相互作用机理、纳米材料分子的自组装过程。分子动力学模拟是理论计算和实验方法的有力补充，广泛应用于物理、化学、材料科学和生物医药等领域。
适合的研究方向包括但不限于：生物、生化、医药、医学、药物、高分子、食品、材料、环境等
可以计算的体系包括但不限于：生物体系、蛋白质、核酸、多肽、药物分子、聚合物、小分子等
常用软件：gromacs，lammps，amber等
可以计算的内容包括但不限于：
蛋白三维模型搭建，如同源建模、从头建模等
分子对接，如蛋白质-小分子，核酸-小分子，小分子-小分子，蛋白-蛋白，蛋白-多肽，蛋白-核酸等
生物三维结构分析，如蛋白在不同pH、温度、电场下的三维结构变化等
动力学研究，如生物体系的弱相互作用分析、受体-配体组装过程、结合自由能分析，材料体系的高分子构象预测、材料与溶液界面性质，粗粒化模拟等
动力学后数据分析，如回旋半径（RMSF）、径向分布函数（RDF）、扩散系数、RMSD、各种能量分析、氢键数量分析、亲疏水性分析等
药物相关内容，如药物衍生物库设计、虚拟筛选、成药性预测、毒性分析、QSAR预测模型构建等
分子动力学（Molecular Dynamics，MD）模拟是一套分子模拟方法，是研究凝聚态系统的有力工具。通过分子动力学模拟，研究者得到体系原子的运动轨迹，可观察到原子运动过程的各种微观细节。通过对研究体系的动态模拟，我们能够在分子水平上理解生物大分子的运动与生物功能、蛋白-小分子之间相互作用机理、纳米材料分子的自组装过程。分子动力学模拟是理论计算和实验方法的有力补充，广泛应用于物理、化学、材料科学和生物医药等领域。
