（1）定义：在对接过程中受体与配体结构均不发生改变，仅改变分子的空间位置与姿态，是一种形状上的互补或相互作用。计算所用时间最短，适合于处理大分子之间的对接，如蛋白与蛋白的对接或蛋白与核酸的对接。

（2）作用：分析关键结合位点，主要考虑分子之间的契合程度。

Fig. 6. Structural simulation of SARS-CoV-2 S-protein docking with human ACE2 molecule. Left panel: This area shows the hydrogen bond interaction between Tyr436 in S- protein and Asp38/Gln42 in ACE2. The relevant residues are presented in ball and stick representations. Right panel: This region shows the hydrogen bond interaction between Arg426 in S protein and Gln325/Glu329 in ACE2.

（3）说明：Analysis of the key binding sites of SARS-CoV-2 and ACE2 showed that SARS-CoV-2 S-protein Arg426 and Tyr436, respectively, combined with Gln325/Glu329 and Asp38/Gln42 of ACE2 through hydrogen bonds and formed an interaction interface with adjacent residues (Fig. 6), which is consistent with previous research results of Hao Pei team.

文章来源：DOI：10.1016/j.jff.2020.104016

分子动力学（Molecular Dynamics，MD）模拟是一套分子模拟方法，是研究凝聚态系统的有力工具。通过分子动力学模拟，研究者得到体系原子的运动轨迹，可观察到原子运动过程的各种微观细节。通过对研究体系的动态模拟，我们能够在分子水平上理解生物大分子的运动与生物功能、蛋白-小分子之间相互作用机理、纳米材料分子的自组装过程。分子动力学模拟是理论计算和实验方法的有力补充，广泛应用于物理、化学、材料科学和生物医药等领域。

适合的研究方向包括但不限于：生物、生化、医药、医学、药物、高分子、食品、材料、环境等

可以计算的体系包括但不限于：生物体系、蛋白质、核酸、多肽、药物分子、聚合物、小分子等

常用软件：gromacs，lammps，amber等

可以计算的内容包括但不限于：

蛋白三维模型搭建，如同源建模、从头建模等

分子对接，如蛋白质-小分子，核酸-小分子，小分子-小分子，蛋白-蛋白，蛋白-多肽，蛋白-核酸等

生物三维结构分析，如蛋白在不同pH、温度、电场下的三维结构变化等

动力学研究，如生物体系的弱相互作用分析、受体-配体组装过程、结合自由能分析，材料体系的高分子构象预测、材料与溶液界面性质，粗粒化模拟等

动力学后数据分析，如回旋半径（RMSF）、径向分布函数（RDF）、扩散系数、RMSD、各种能量分析、氢键数量分析、亲疏水性分析等

药物相关内容，如药物衍生物库设计、虚拟筛选、成药性预测、毒性分析、QSAR预测模型构建等

分子动力学（Molecular Dynamics，MD）模拟是一套分子模拟方法，是研究凝聚态系统的有力工具。通过分子动力学模拟，研究者得到体系原子的运动轨迹，可观察到原子运动过程的各种微观细节。通过对研究体系的动态模拟，我们能够在分子水平上理解生物大分子的运动与生物功能、蛋白-小分子之间相互作用机理、纳米材料分子的自组装过程。分子动力学模拟是理论计算和实验方法的有力补充，广泛应用于物理、化学、材料科学和生物医药等领域。